Я учусь по инновационной специальности (Нанотехнологии). Если я попаду под распределение от ВУЗа, как это согласуется со службой в армии(военной кафедры нет)???

Согласно действующей редакции ст. 24 Федерального закона «О воинской обязанности и военной службе» от 28.03.1998 г. № 53-ФЗ вам может быть предоставлена отсрочка от призыва на военную службу, в случае если вы поступите на работу по специальности непосредственно по окончании ВУЗа на условиях полного рабочего дня в государственную организацию, которая включена в перечень которых определяемый Правительством Российской Федерации, - на время этой работы.
Если вы окончите обучение после 1 января 2008 года, то вас в любом случае призовут на службу на срок 12 месяцев, т.к. упомянутое выше положение с этой даты утрачивает силу.